Three.js で背景を透過するには、➊WebGLRenderer のコンストラクタ呼び出し時に透過設定を有効にして、➋背景色のアルファ値を透過させる必要があります。
typescript
// ➊ 透過を有効化
const renderer = new THREE.WebGLRenderer({ alpha: true });
// ➋ 背景色のアルファ値を透過指定 (デフォルトでこの値です)
renderer.setClearColor(0x000000, 0);
なお、scene.background = new THREE.Color(0xffffff)
などの Scene の背景色を指定してしまうと、背景が透過されなくなるので注意が必要です。